# ========= [INFO] ==========
# Mut inCB: not accepter mutation in BC
# Mut inMS: 2
# ReadIn  : /env/gfs/Projects/yshen/21_SophieMS_Iseq100/Papier/Example/Example_II.1/Output/3_BAM_Fusion_min3ReadByGrp/10-N3-12cycles-IDT.unmapped.bam
# seq_deb : ACAGGTG
# seq_fin : TATGG
# MS_seq : AC
# excl : G,T
# nom  : AC25
# =============================
#
#-------------- Filt ------------------
# condiGrep: ACAG.TG[ATCGN]+ACACACACAC[ATCGN]+.ATGG|ACAG.TG[ATCGN]+ACACACACAC[ATCGN]+T.TGG|ACAG.TG[ATCGN]+ACACACACAC[ATCGN]+TA.GG|ACAG.TG[ATCGN]+ACACACACAC[ATCGN]+TAT.G|ACAG.TG[ATCGN]+ACACACACAC[ATCGN]+TATG.|ACAGG.G[ATCGN]+ACACACACAC[ATCGN]+.ATGG|ACAGG.G[ATCGN]+ACACACACAC[ATCGN]+T.TGG|ACAGG.G[ATCGN]+ACACACACAC[ATCGN]+TA.GG|ACAGG.G[ATCGN]+ACACACACAC[ATCGN]+TAT.G|ACAGG.G[ATCGN]+ACACACACAC[ATCGN]+TATG.|ACAGGT.[ATCGN]+ACACACACAC[ATCGN]+.ATGG|ACAGGT.[ATCGN]+ACACACACAC[ATCGN]+T.TGG|ACAGGT.[ATCGN]+ACACACACAC[ATCGN]+TA.GG|ACAGGT.[ATCGN]+ACACACACAC[ATCGN]+TAT.G|ACAGGT.[ATCGN]+ACACACACAC[ATCGN]+TATG.
# condiGrep Rev-Compt: .CATA[NCGAT]+GTGTGTGTGT[NCGAT]+.ACCTGT|C.ATA[NCGAT]+GTGTGTGTGT[NCGAT]+.ACCTGT|CC.TA[NCGAT]+GTGTGTGTGT[NCGAT]+.ACCTGT|CCA.A[NCGAT]+GTGTGTGTGT[NCGAT]+.ACCTGT|CCAT.[NCGAT]+GTGTGTGTGT[NCGAT]+.ACCTGT|.CATA[NCGAT]+GTGTGTGTGT[NCGAT]+C.CCTGT|C.ATA[NCGAT]+GTGTGTGTGT[NCGAT]+C.CCTGT|CC.TA[NCGAT]+GTGTGTGTGT[NCGAT]+C.CCTGT|CCA.A[NCGAT]+GTGTGTGTGT[NCGAT]+C.CCTGT|CCAT.[NCGAT]+GTGTGTGTGT[NCGAT]+C.CCTGT|.CATA[NCGAT]+GTGTGTGTGT[NCGAT]+CA.CTGT|C.ATA[NCGAT]+GTGTGTGTGT[NCGAT]+CA.CTGT|CC.TA[NCGAT]+GTGTGTGTGT[NCGAT]+CA.CTGT|CCA.A[NCGAT]+GTGTGTGTGT[NCGAT]+CA.CTGT|CCAT.[NCGAT]+GTGTGTGTGT[NCGAT]+CA.CTGT
#--------------------------------------
module load picard/2.8.2
> java -jar /env/gfs/apps/picard/2.8.2/picard.jar SortSam I=/env/gfs/Projects/yshen/21_SophieMS_Iseq100/Papier/Example/Example_II.1/Output/3_BAM_Fusion_min3ReadByGrp/10-N3-12cycles-IDT.AC25.unmapped.sam O=/env/gfs/Projects/yshen/21_SophieMS_Iseq100/Papier/Example/Example_II.1/Output/3_BAM_Fusion_min3ReadByGrp/10-N3-12cycles-IDT.AC25.unmapped.sort.sam SORT_ORDER=queryname 
# [Creat: /env/gfs/Projects/yshen/21_SophieMS_Iseq100/Papier/Example/Example_II.1/Output/3_BAM_Fusion_min3ReadByGrp/10-N3-12cycles-IDT.AC25.unmapped.bam ]
